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과기정통부 “기업부설연구소의 인정제도 위반 사항 사후관리 강화”

2024.10.15 과학기술정보통신부
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과학기술정보통신부는 “기업부설연구소가 인정기준 또는 준수사항 등을 위반한 경우에는 ‘기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률’에 따라 인정을 취소한다”며 “기업부설연구소 인정제도 위반 사항에 대한 사후관리를 강화하겠다”고 밝혔습니다.

10월 15일자 조선일보 <호프집에서 산업디자인 연구? 세금 꼼수 통로된 R&D 공제>에 대한 과기정통부의 설명입니다

[보도 내용]

 ㅇ 기업부설연구소(연구개발전담부서 포함) R&D 세액 공제액이 지난해 4조 6,000억원에 달하지만 관리가 허술하고, 제대로 된 점검을 하지 못한다

[과기정통부 설명]

□ 정부는 기업의 연구개발활동을 촉진하기 위하여 일정요건을 갖춘 기업부설연구소를 신고하도록 하고 인정된 연구소에 대해서는 조세 지원 등의 혜택을 부여하고 있습니다.

 ㅇ 기업부설연구소 인정제도 운영은 과기정통부에서, 조세 지원은 기재부 및 국세청에서 담당하고 있습니다.

□ 과기정통부는 기업부설연구소가 인정기준 또는 준수사항 등을 위반한 경우에는 ‘기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률’에 따라 인정을 취소하며,

 ㅇ 기업부설연구소가 거짓 또는 그 밖에 부정한 방법으로 연구소 인정을 받은 경우에는 그 인정을 취소함으로써 세액공제를 원천적으로 차단하고, 1년 간 설립 신고를 할 수 없도록 제한하고 있습니다.

<인정취소 사유에 따른 R&D 비용 세액공제 배제시점(조세특례제한법 시행령제9조 제19항)>

□ 또한 인정제도 업무를 위탁받아 수행 중인 한국산업기술진흥협회에서는현지확인을 통해 기업부설연구소의 인정기준 준수여부 등을 확인하고 있으며, 현지 확인 규모를 매년 확대하고 있습니다. 
  * 현지 확인 규모: (’22년) 15,391건 → (’23년)27,695건 → (’24년) 30,000건 예정 

 ㅇ 현지 확인 결과 부적격 연구소에 대해서는 보완·취소 처분 등을 통해 사후 관리를 강화하고 있습니다. 

□ 이와 함께 기업부설연구소를 체계적으로 지원하고, 관리를 강화하기 위한 법률안* 제정이 현재 국회에서 논의되고 있습니다. 
  ※ 기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 제정안 박충권 의원 대표발의(’24.5.30.) → 과방위 법안소위 회부(’24.7.16.)

□ 앞으로도 기업의 연구개발활동을 보다 내실있게 지원할 수 있도록 기업부설연구소 인정제도 운영·관리를 강화하고, 국세청 등 관계부처와도 적극 협력해 나가겠습니다.

문의: 과학기술정보통신부 연구산업진흥과 (044-202-4734)

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